Игумения Маргарита была расстреляна 9/22 августа 1918 г.
По рассказу бывшей насельницы Пророко-Ильинского монастыря монахини Алевтины, игумения Маргарита в какой-то момент решила уйти с белыми и не оставаться при власти большевиков: «Она уже была на пристани, когда ей явился образ Святителя Николая, произнесший: «Зачем ты бежишь от своего венца?». Потрясенная видением, игумения вернулась в монастырь и поведала о происшедшем монастырскому священнику. Она попросила этого священника заранее заготовить для нее гроб, а после отпевания похоронить ее в тот же день».
В ночь с 10-го на 11-е августа 1918 г. (н. ст.) большевики внезапно покинули г. Мензелинск. Жители создали добровольческий отряд по охране города и установили связь с отрядами Народной (Белой) армии. 21 августа большевики снова повели наступление на Мензелинск. Отряд Народной Армии и отряд по охране города в течение 4-х часов выдерживали натиск противника, но большевики ворвались в город и устроили форменную резню… Число расстрелянных в Мензелинске 21–22 августа достигало 150–200 человек. В той кровавой расправе погибла и игумения Маргарита. По другим сведениям, игумения Маргарита была арестована во время службы.
По свидетельству участника гражданской войны (на стороне красных) Я.Ф. Остроумова, поводом к убийству игумении явилась попытка монахинь защитить от расправы кого-то из офицеров (вероятно, раненых, не имевших сил уйти из города): « …Несколько белых офицеров, оставшихся в монастыре, скрылись в кельях женского монастыря и были… расстреляны во дворе монастыря, также была расстреляна игумения монастыря… за укрывательство белых офицеров в кельях монастыря».
Через линии фронтов Гражданской войны до князя Н. Жевахова дошли следующие подробности убийства матушки: «В начале октября 1918 г. ворвавшись в монастырскую ограду, большевики пожелали осквернить храм, но игумения не пустила их туда. Матушка безбоязненно вышла к толпе пьяных и вооруженных до зубов большевиков и кротко сказала им: «Смерти я не боюсь, ибо только после смерти я явлюсь ко Господу Иисусу Христу, к Которому всю жизнь свою стремилась. Вы только ускорите мою встречу с Господом… Но я хочу терпеть и страдать в этой жизни без конца, лишь бы только вы спасли свои души… Убивая мое тело, вы убиваете свою душу… Подумайте над этим».
В ответ на эти слова посыпались площадная брань и требования открыть храм. Игумения наотрез отказала, а большевики сказали ей: «Так смотри же: завтра рано утром мы убьем тебя»… С этими словами они ушли. После их ухода, заперев на запоры церковную ограду, игумения Маргарита вместе с сестрами отправилась в храм Божий, где провела всю ночь в молитве, а за ранней обедней причастилась. Не успела игумения выйти из храма, как большевики, видя матушку сходящей с амвона, взяли ее на прицел и в упор выстрелили. «Слава Тебе, Боже!» – громко сказала игумения Маргарита, увидя большевиков с установленными против нее ружьями, и… замертво упала на пол, пронзенная ружейными пулями извергов».
(36)